Utilisation et applications de la bio-informatique

Code UE : BNF104

  • Cours
  • 6 crédits

Responsable national

Jean-Francois ZAGURY

Responsable opérationnel

Public et conditions d'accès

Biologistes ou Informaticiens.
Titulaires d'un BTS de Biochimie, Biotechnologie, Biologie ou d'un DUT de Biologie appliquée (ou diplômes équivalents bac+2).
Titulaire d'un BTS ou d'une licence d'informatique ou diplôme de niveau équivalent. Dans ce cas, une connaissance préliminaire de la biologie/biochimie est recommandée, par exemple grâce à l'UE Biochimie Fondamentale #BCA001.

Objectifs pédagogiques

Former des bio-informaticiens pour répondre à l'émergence des métiers nouveaux liés aux nouvelles biotechnologies.

Compétences visées

Connaissance et utilisation des banques de données et des logiciels existants sur le Web, qui permettent déjà de traiter de manière puissante les données biologiques générées par les nouvelles biotechnologies (bases de données, logiciels de traitement de séquence, outils de prédiction, logiciels statistiques).
Apprentissage des problématiques bio-informatiques liées à l'émergence des nouvelles biotechnologies.

Contenu

1) Rappels de base de biologie à usage pour la bio-informatique :
Les chaînes du vivant, ADN et Protéines.
La cellule : unité fonctionnelle du vivant.
Éléments de physiopathologie : inflammation, maladies infectieuses et cancers
2) Les grandes banques bio-informatiques :
Banques de données disponibles sur Internet :
séquences, polymorphismes, structure des protéines. Le système Entrez : du gène à la fonction.
3) Exploitation des banques de séquences et applications :
Les logiciels disponibles sur Internet :
criblage de banque, alignement de deux séquences, phylogénie. Principes algorithmiques et utilisation.
4) Modélisation moléculaire et applications :
Logiciels de référence (RasMol, Cn3D, VMD). Prédiction de structure, méthodes automatiques.
5) Problématiques Bio-informatiques liées aux nouvelles technologies :
Séquençage massif du génome  (Next Generation Sequencing, NGS), puces de génotypage, puces de transcriptome, génomique sur cohorte et maladies, génétique d'association, initiation à l'utilisation des données NGS avec Galaxy.

Modalité d'évaluation

Examen final

Bibliographie

  • AD Baxevanis et al. : Bioinformatics, Wiley Interscience. New-York
  • Denis Tagu et Jean-Loup Risler : Bio-informatique. Principes d'utilisation des outils. Edition Quae

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Contact

Bioinformatique
17.0.16, 292 rue St Martin
75003 Paris
Isabelle Corbeau

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UE

    • Paris
      • Centre Cnam Paris
        • 2019-2020 1er semestre : Présentiel soir ou samedi
        • 2019-2020 2nd semestre : FOAD hybride soir ou samedi
        • 2020-2021 1er semestre : Présentiel soir ou samedi
        • 2020-2021 2nd semestre : FOAD hybride soir ou samedi
        • 2021-2022 1er semestre : FOAD hybride soir ou samedi
        • 2021-2022 2nd semestre : FOAD hybride soir ou samedi